Conocidas anteriormente como islas de Baiona, pasan a depender de Vigo en 1840. Del convento de la isla del Faro no quedan más que sillares reaprovechados, marcas de canteros, fustes, canecillos o la necrópolis medieval con una tumba antropomorfa visible en el Centro de Interpretación, actual edificio rehabilitado, un almacén de artillería del XIX construido en el lugar del Convento.
Al final del corsarismo y en el contexto de la Guerra de la Independencia, se idean proyectos de fortificación, construyéndose al final solo un almacén de artillería, cuartel y calabozos con una presencia militar muy limitada en el tiempo. En este ambiente, las islas vuelven a ser pobladas por gentes del Morrazo y entorno, dedicados a la agricultura, ganadería ovina-caprina y pesca-marisqueo.
La embarcación tradicional empleada era la gamela. Las viviendas, distribuidas en hábitats dispersos, casas terreñas, muy rústicas actuando como granjas.
Existían refugios de pastores que visitaban las islas periódicamente y sobre 1835/1840 se establecen factorías de salazón de pescado, sardina, en la isla Norte y Sur, decayendo a principios del XX con la aparición de la conserva en hojalata. A mediados del XIX las islas actuaron como lazareto donde pasar cuarentenas en espera de que se consolidara el de la isla de San Simón, estableciéndose en la isla Sur un puesto de sanidad y pilotos-prácticos que advertían de la presencia de buques sospechosos de epidemias, controlados y dirigidos al nuevo lazareto de San Simón, en el interior de la ría. Entre 1851-1853 se construye el Faro.
