No se encontraron hasta ahora restos prehistóricos ni castrexos y de época romana sabemos de la referencia a la isla como Corticata o la aparición de ánforas en sus aguas. Como el resto de las islas del Parque en la Alta Edad Media sería donada a la Iglesia compostelana tras el supuesto descubrimiento, muy cerca, en Iria Flavia (entorno de Padrón) de los restos del Apóstol Santiago.
Al encontrarse esta isla en el estuario del río Ulla, era una vía de navegación hacia Santiago de Compostela, siendo así éste un paso apetitoso para las incursiones de normandos y musulmanes quienes atacaron en diversas ocasiones Compostela no sin antes dejar su huella en el litoral de la ría de Arousa.
En los siglos XV y XVI, con la peste negra asolando Galicia y en medio de innumerables conflictos se establecería en la isla de Cortegada un santuario, la ermita de la Virgen de de los Milagros, para implorar por la curación de los afectados por esta enfermedad.
En la Edad Moderna, siglos XVI, XVII y XVIII, piratas y corsarios se despliegan por toda la costa gallega, aunque no conocemos la afección que pudo tener en esta isla.
A partir de 1596, en la isla, aforada a la iglesia, se construye un hospital-lazareto para los peregrinos que llevaban a cabo el Camino por esta vía marítimo-fluvial del mar de Arousa.
